SMP Muhammadiyah 3 Natar yang terletak di Kabupaten Lampung Selatan memiliki misi sebagai berikut:
1. Memiliki standar RPS (Rencana Pengembangan Sekolah) yang efektif, efisien dan dinamis.
2. Terwujudnya Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan yang mengacu pada delapan standar yang baik dalam penerapan Kurikulum 2013.
3. Melaksanakan pengembangan kurikulum yang berbasis iman dan taqwa, serta kearifan lokal.
4. Terlaksananya proses pembelajaran yang bermutu sesuai Standar Nasional Pendidikan
5. Tersedianya sarana dan prasarana pendidikan yang lengkap dan memadai serta termanfaatkan dengan baik.
6. Terwujudnya tenaga pendidik dan kependidikan yang professional
7. Terselenggaranya manajemen pendidikan yang bermutu sesuai dengan SNP (Standar Nasional Pendidikan).
8. Terwujudnya model-model sistem penilaian sesuai SNP
9. Terwujudnya lulusan yang berakhlakul karimah, berprestasi dan sehat.
10. Mendayagunakan potensi lingkungan sebagai sumber belajar
11. Mengikuti kegiatan lomba akademik dan non-akademik
12. Menata lingkungan belajar yang kondusif
13. Terciptanya sekolah Sehat yang Berbudaya Lingkungan
14. Terwujudnya peningkatan pembiayaan pendidikan yang memadai
15. Terjalinnya kerjasama yang baik dengan komite sekolah, masyarakat, pengusaha, tenaga profesional dan instansi terkait..
